从《终结者6》开始，整个电影宇宙，就将《终结者2》之后的所有时间线抹除了，也就是说，其实《终结者6》才是真正的《终结者3》。
在《终结者2》以后，莎拉和儿子确实阻挡了天网的审判日，而她自己却被国家当成疯子，一直关在疗养院，其实在她梦境发生的「审判日」是真实的，不过这一切都发生在原始的1号宇宙，所以，虽然莎拉改变了原始宇宙的未来，却创造出了一个全新的平行宇宙，而原始宇宙依旧在1997年发生了「审判日」，同时30亿人口也被剥夺生命。
在2号宇宙中，天网虽然没有形成，但是在后来的时间里，人类又研发出了“军团”，军团与天网是一模一样的超级人工智能，因此，即便人类可以刺杀历史的关键人物，但永远无法阻挡历史发展的洪流。
当年在天网垮台之前，天网同时派出多种型号的终结者，前往不同的时空去刺杀康纳，当时在2号宇宙里，天网并未形成，审判日也没有发生，因此，在2号宇宙里，终结者执行的任务也是无效任务，康纳也不是未来世界的领袖，即便杀死他，也不会对整个时间线造成影响。
当时T-800杀死年幼康纳之后，它就暂时失去了存在的意义，后来他为了变得更像人类，于是成家立业，与妻子一同养着他们的孩子，至此，T-800慢慢觉醒情感系统，他明白了自己当年杀死康纳，简直是夺走了莎拉的生存意义，于是他对莎拉，发送了一条简讯，简讯没有署名，结尾只写着“为了康纳”，这段简单的话语，让莎拉重拾自己存在的意义。
在2号宇宙中，审判日虽然推迟了，但终究还是降临了，当时毫无征兆，在第一天，所有的机器全部停摆，在第二天，人类开始与军团作战，他们利用脉冲波，暂时阻挡住了军团的进攻。至此人类也进入了一个黑暗时代，这个时代是机器人统治人类的时期，一名叫丹妮的人，将所有废墟里的幸存者组织在一起，建立了反抗军，于是他们开始一起对抗机器人。在遥远的2042年，军团眼看败局已定，它开始派出一款全新的终结者Rev-9，前往2020年，去刺杀年轻的丹妮。同时未来世界的丹妮，也派出一名自己曾经救下的女孩，前往2020年，去保护年轻的自己，这个女孩是一名强化人，她是一个半人半机器的改造人，因此，也是唯一一个能和Rev-9抗衡的人。
Rev-9是一个冷血无情的杀手，他人狠话少，刚一落地，就杀死了丹妮的父亲，并伪装成丹妮父亲的样子，前去工厂接近丹妮，不料在他正要开枪射杀丹妮时，另一个伪装成工人的女孩，也不断朝他射击，将他打击的连连后退，最后他的全身也被打烂，并暴露出机械之躯。此时，丹妮还没从丧父之痛中回过神来，只见女孩将她揽入怀里，强行带走，并给她解释，那人根本不是她的父亲，如果不提早离开，她30秒内必死无疑。
他们三人一起驾车逃亡，可是Rev-9也已经恢复身体 ，并驾驶推土机，一直在追击他们，面对Rev-9的步步紧逼，那个名叫格蕾丝的女孩，跳入后车厢，不断拿起铁棍朝他抛去，瞬间将他钉在驾驶座上，不过Rev-9不像T-X那样弱智，他可以分裂出一个液态分身，继续朝丹妮他们攻击，但他刚扑到车厢时，格蕾丝就将他踢飞，不过他在跌下去之前，就将汽车的后轮拽下，导致汽车失去平衡，最终撞倒两侧的围栏，而他并未停手，瞬间抢下一辆汽车，继续朝丹妮他们的车撞来，幸亏格蕾丝及时将丹妮拉走，她们才躲过一劫。
随着爆炸的结束，Rev-9也被能量波解体，不过他很快就可以重构身体。格蕾丝拿起铁棍，准备迎战，关键时刻，突然出现一辆车，直接撞飞Rev-9的分身，车上下来的人，不断朝Rev-9的本体射击，将他打得遍体创伤，并推到桥下，同时用肩炮，一炮轰飞他的分身，并朝他的本体扔下一枚手雷弹，就潇洒转身离去。
与此同时，格蕾丝和丹妮趁机一起逃走，在逃亡途中，格蕾丝将丹妮父亲死亡的事实，全盘告诉了她，并给她解释了Rev-9的能力，只要他接触了人类，就可以复制人类，凡是被他复制的人类，必死无疑。她还没说完话，就由于身体过度消耗，差点崩溃，如果不及时注射特殊试剂，就会彻底玩完。于是丹妮带着她去药店抢药，本来已经得手，可是她们离开时，格蕾丝却体力不支跌倒，为了不让她们被抓，丹妮瞬间捡起手枪，威胁了一下店员，就将格蕾丝带走了。
她们在离开时，再次遇到了老年的莎拉，莎拉主动与她们结盟，一起驾车逃跑，回到家里之后，莎拉似乎会得很多，她能轻车熟路地运用那些试剂，并将格蕾丝从鬼门关救回。当格蕾丝醒来时，她将自己来自的时代，以及审判日发生的时间，还有未来世界的情况，都说了出来。莎拉也将自己成功阻挡天网的诞生，与救下30亿人口，以及自己儿子被杀的过去，统统告诉了丹妮他们。三人在互相交换信息之后，似乎再次理解了2号宇宙的真相，并且他们一致达成要消灭Rev-9的共识，也将保护丹妮作为首要任务，因为丹妮是人类的未来，虽然康纳已死，但是根本无法阻止反抗军领袖的诞生，于是丹妮也顺理成章地成为新领袖，这也是天网要刺杀她的真实目的。
由于莎拉收到讯息的位置，与格蕾丝身上纹地地址一样，于是他们将这个地址当成下一个目的地，只有来到这里，才能解开这一切的谜团。他们经过重重关卡，终于在丹妮叔叔的帮助下，偷渡到墨西哥一个偏僻的地方，找到了那个发布讯息的人。当她们推开房门时，莎拉一眼就认出了开门的人，那人正是苍老的T-800，当年也是他亲手杀死的康纳，所以莎拉十分激动，恨不得原地杀死他，可还是被格蕾丝拦住了，才暂时避免了一场内战。
他们四个人，经过简单的接触之后，终于弄懂了T-800这些年发生的事情，原来由于莎拉阻止了审判日，导致T-800的任务变成了无效任务，他在杀死康纳之后，失去存在的意义，自从他收养儿子之后，他才明白莎拉这些年的失子之痛，于是他变得更像一个人类，并且拥有了自己的选择，为了弥补对莎拉造成的伤害，才发送了那条“为了康纳”的讯息，并选择了保护丹妮，甚至将对抗军团，作为他新的人生意义。
他们四人心里十分明白，常规武器根本无法伤害到Rev-9，于是选择向军方借一些脉冲武器，并建立一个杀戮空间，将Rev-9诱入陷阱，从而彻底消灭他。四人经过一番商讨之后，决定一起去讨要武器。他们在讨要武器的过程中，就遭到Rev-9的袭击，最后众人齐心协力，一起驾驶直升机逃走，途中他们还击爆了Rev-9的飞机，并将他成功从机舱打了下去。千钧一发之际，格蕾丝将未来的真相提前告知丹妮，原来丹妮并不是下一位救世主的母亲，而她自己本身就是救世主，也是带领人类反抗“军团”的吹哨人，同时也是人类最后的希望，所以，她现在必须做出决策，选择用何种方法，去对付终结者Rev-9。
逃亡过程中，很快他们就被Rev-9追上，并且飞机也被他弄得坠毁，在下坠前，T-800舍身取义，用肉身留住Rev-9以断后，而莎拉和丹妮进入装甲车，并成功保住自己的性命。最后他们四人已经遍体鳞伤，彻底失去战斗力，而Rev-9已经让他们引入陷阱，为了彻底消灭Rev-9，T-800和莎拉只能硬着头皮阻击Rev-9，最终Rev-9的分身，彻底被他们拽入脉冲机器里，在机器高速的旋转的打磨下，Rev-9的液态身体被完全解体，但他并没有死亡，苟延残喘的分身再次站起，继续朝丹妮进攻而来，为了彻底解决隐患，格蕾丝祭献出她的电池，T-800直接将Rev-9拽入深坑中，并将那块电池塞入Rev-9的口中，与他同归于尽，在火光闪耀的爆炸中，莎拉终于对这一切释怀，而丹妮的内心也彻底蜕变，变得十分坚韧和稳重，这也是她能成为反抗军首领的必经之路。
《终结者6》彻底颠覆了系列过往的一切设定，它将天网和康纳直接扼杀在摇篮里，但又重塑出一个本质上没有改变的未来，说明历史的洪流是无法改变的，一切都是人类的宿命，即便杀死所有的关键人，以及将天网扼杀在摇篮之中，审判日永远也不会被终结，它会以另一种形式出现，在历史的长河里，一切的人和事都是随波逐流，泥沙根本没有自由意志，它们也无法改变河流的流向，它们一切的努力，也不过是对命运的微调。
