这是中医历史上第一个，由中国人自己提出来的，对中医传统理论的质疑甚至是反对。
俞樾在《废医论》里明确指出：
“医可废，药不可尽废”
这也就是现在有关中医“废医验药”的由来，这也正式揭开了国人内部对传统中医的反省和质疑。
而随着西方现代医学的进入，对中医的质疑逐渐演变成中西医之间的争论，而这种争论在进入民国后更加火星四溅。
首先是1915，著名中医世家袁桂生向神州医药总会提交了一份议案，主张废除中医理论中的五行理论，并对阴阳说加以审视和改进，率先向中医基础理论宣战。
然后1916年西医出身的余云岫发布了惊世骇俗的《灵素商兑》，用朴学思想给当时的中医历史和理论扒了层皮，一时间竟无人敢应对。
6年后恽铁樵用一部《群经见智录》，正面回应余云岫的挑战。
虽然被余云岫怼得狼狈不堪，留下了一句：“尊论推步之学，渊博浩瀚，以弟谫陋，不足为旗鼓相当之辩论”，然后再也不问世事，但这却正式拉开了民国中西理论争论的序幕。
下一位登场的就是恽铁樵的嫡传弟子陆渊雷。
看过冷哥科普的人可能会记得，陆渊雷是第一个主张中医要通过科学的手段发展完善自身的中医大师。
但很多人不知道的是，这哥们在民国中西医理论争论中扮演的角色却是一名“重炮手”，他用一本《西医界的奴隶派》直接炮轰民国那些崇拜西医的人，说他们是：
“论起辈份来西洋好比是祖父，日本好比是父亲，这些少数的西医不过孙子罢了。”
颇有一番祖安老哥的味道。
有了对西医的攻击，自然也会出现对中医的反省。
依然是恽铁樵的学生，一个叫杨则民的中医在1923年用一本《内经之哲学的检讨》，正式接过了俞樾的钢枪，继续反思传统中医理论中的错误和局限。
不过杨则民更希望大家用哲学的眼光来看待中医理论，而不是用现代科学，这颇有一点今天中医粉的味道。
除了中西医内部的人以外，参与到这场论战里的人越来越多，卡斯也越来越大。
梁启超1923年在《东方杂志》上发表文章《阴阳五行说之来历》，其文章头一句话就是：
“阴阳五行说为二千年来迷信之大本营，直至今日在社会上犹有莫大势力。今当辞而辟之”。
章氏太炎则在1926年《医界春秋》上发表“论五脏附五行无定说”，主张将五行论废止。
然后陆陆续续又有叶古红、秦伯未、黎北海等杏林界知名人士参与其中，有关中西医理论的争论一直持续到1937年抗战的爆发。
1992年，加拿大生物统计学教授戈登盖亚特首次提出“循证医学”概念，循证医学的出现逐渐结束了对中医理论存废的争论。
曾经博大进深的中医，也将彻底告别口舌之争，走上循证医学的现代化之路。
